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PyMOL最新版本教程:手把手教你作出大神级蛋白结构图(终结篇)

时间:2019-05-08 14:24来源:网络整理 作者:admin 点击:
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原大字标题:PyMOL Windows 教程的最新版本:手把手教你作出超自然力级加里机构图(端篇)

人人好,先前学过两门课。,本人理解了这件事。连同若何鉴定书PyMOL与感觉器官配体的相互作用。。无论如何,吡喃的手术量大关于此点。,瞄准,萧边教你少量的更酷的办法。。

TEXT

和Linux两者都。,想较好的地应用吡喃,不克不及荒唐的由PyMoL支集的命令行输出文字。,本人可以去里面。 在GUI窗口中登记命令行。,命令行输出可以交换拿鼠标手术。,万一排演运用得终止,手术会更苛求。,作为毕生职业的会更快。。上面的图片是表面的。 图形接口。

电视的衔接:

https://v.qq.com/x/page/n0537l6gm00.html

PyMoL命令式

本人率先要意识到的是,虽然PyMOL命令是,但眼前,PYMOL命令依然是小写字母的。,因而本人上面留心的拿命令都是小写字母字母。。这么命令行的体式是健康状况如何的呢?PyMOL命令普通都是由keyword(关键词) 和决定因素(变量)结合,详细如次:

PyMOL> keyword argument

但并非拿命令都需求变量。,像,躬身送出门按次。,本人可以径直进入PyMOL>躬身送出门。,不过,需求变量的命令依然占领总额。,可以分为单变量使听写和多元直截了当地,单变量使听写请教非常定单。,本人唯一的输出东西变量。,像,缩小命令缩放,无论如何同时,你会看见为了命令可以被落实。,这是由于PyMOL对单变量使听写有东西默许的变量,缩小命令急速移动,都是它的默许变量。,即

PyMOL>zoom一般PyMOL>zoom all

多元直截了当地可以使朝移动多个变量。,像,万一据我看来把反对的色使成为白色,本人可以用它。 PyMOL>color 白色为了命令。,无论如何在手术过后,本人会看见大约的命令不克不及详细阐明东西参加。,因而本人可以决定或选定本人需求的零件。,应用以下命令

PyMOL>color green,sele

嗨的SELE是除色远处的其次个变量。。

容器阐明

让本人以第一应用的加里质1KIME为例。,简短声明阐明以下PyMoL命令行的用法。。率先,它依然在获取加里质。,万一本人想径直从PDB提出库实现为了加里质,,您您可以输出命令。。

PyMOL> fetch 1kim(图1)

图一

万一要翻开已下载的提出,您您可以输出命令。。

PyMOL> load E:(图二)

load 与填写本人的提出常规路线。。

图二

本人看见,实现了该加里质和配体的颁发机构。,本人只想在卡通文字下表明加里质的机构。,可以用上面为了简略的命令行(图三)。

PyMOL> hide

PyMOL> show cartoon,1kim

图三

想要地基两种不寻常的的机构显示加里质。,本人可以应用上面的命令行(图四):

PyMOL> color red,ss h

PyMOL> color blue,ss l+

嗨的H是指旋坠机构。,L 指的是环和beta。 除片材和旋坠线外,万一你还想互换beta sheet 的色,本人您您可以输出命令。。行

PyMOL> color yellow,ss s

图四

电视的衔接:

抓,本人想要找到加里质中间的配体并将其重命名为THM并修补TH。,可以应用以下命令行(图五):

PyMOL>select THM,selection

PyMOL>color yellow,THM

PyMOL>show sticks,THM

图五

电视的衔接:

最近的,本人可以修补视野。,并把最近的的伸出颁布暴露。,(图六)

可以应用以下命令:

PyMOL>bg_color white

PyMOL>ray 300

图六

☛☛☛电视的衔接:

命名选择目的

经过超过考虑,本人会看见命令手术符被应用。,作为毕生职业的和精确将放慢。

但在PyMOL,本人将常常应用选择目的的命名。,体式如次

PyMOL>select selection-name,selection-expression

在内侧地选择命名 本人本人的名字。,selection-expression 换句话说,选择词句。,这是本人选择的一参加。,它可以由同一的的选择者加停顿结合。,这就必要条件本人纯熟硕士各式各样的选择者的命名。,最好的大约,本人才干正确地手术反对。,上面,萧边给你少量的经用的选择者。:

表一:

小结

到嗨,萧边对PyMOL的绍介立即完毕。,我置信你会学到这一课的。,不得不对PyMl有根本的理解。,万一您对PyMl的应用有究竟哪一个理解,,迎将留言。。小编也会为人人使朝移动更多物质的化学组成生物置于球面内部的软件应用Windows 教程,想要人人能持续关怀本人,我还会又来的…。

“医学方”前后翻书到侍者“医学人”,将最火线、最价值高过的临床、为拿的临床大夫补充了科研的原件文字。、科研人员 回到搜狐,检查更多

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